芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）是一类农杆菌，目前仅有一属得到正式命名，即芽单胞菌属（Gemmatimonas）。芽单胞菌门是在2003年建立的一个细菌门。
芽单胞菌门的细菌是一类革兰氏阴性细菌，通过出芽方式繁殖。这种繁殖方式使得它们在生物分类上具有独特性。